A. Fritz, D. Maier, S. Losko, K. Albermann, K. Heumann
Biomax Bioinformatics AG, Martinsried
Im Rahmen der Clusterinitiative m4 ist es die Aufgabe von Biomax eine systematischen und nachhaltigen Wissensbasis für personalisierte Medizin und zielzielgerichtete Therapien zu entwickeln. Als Grundlage dafür bringt Biomax mit smartm, basierend auf dem BioXM™ Knowledge Management Environment, eine innovative und flexible Wissensmanagment Lösung ein, die entsprechend den Projektanforderungen konfiguriert und weiterentwickelt wird. smartm wird aus vier Modulen bestehen:
- smart-km
- smart-doc
- smart-SK
- smart-portal
Die smart-km Wissensmanagement Netzwerk integriert unterschiedliche Daten in einem flexiblen und erweiterbaren semantischen Datenmodell. Benutzer können integrierte klinische und biomedizinische Daten aus der m4 Clusterinitiative, z.B., Patientendaten, klinische Daten, erstellten Proben, Hochdurchsatz-Daten (Genexpression, Metaboliten-Profile), präklinische Daten, molekulare Mechanismen und Krankheitsbezüge (Mutationen, Signalwege) leicht abrufen, verwalten und abfragen. Visualisierung von Netzwerken und multi-dimensionalen Daten erleichtern mittels datentypübergreifender Analyse diejenigen Muster zu identifizieren die eine patienten- und krankheitsspezifische Klassifizierung und Vorhersage erlauben.
Das smart-doc wissenschaftliche Reporting-Modul ermöglicht die Erfassung und Zusammenfassung von Informationen zu Publikationen, Forschungsanträgen und zu standardisierter Archivierung. Es verwendet standardisierte Austauschformate (z.B., SBML, MIRIAME und MIAME), Ontologien (NCI Thesaurus, GO und ChEBI) und semantische Abbildung und Standardisierung der Nutzerdaten. Zahlreiche Datenformate können importiert und exportiert werden.
Mit smart-sk dem sozialen Wissens-Netzwerk wird ein neuer Ansatz zur semantischen Integration von Benutzerinteraktionsdaten entwickelt, mit dem Ziel Benutzerführung und die Arbeitsumgebung von smartm zu optimieren und effizienter zu gestalten. Typische Abfragen, Ansichten, Berichte usw., werden erkannt und können für bestimmte Benutzer zugeschnitten werden (My smartm), als Vorlagen für alle (Favorites) benutzt und zur Optimierung des smart-portals verwendet werden.
Das smart-portal ist eine flexible Wiki-basierte Portalarchitektur für den einfachen Zugriff und die Abfrage der Daten innerhalb smartm. Smart-portal kann mehrere unterschiedliche projektspezifische Portale unterstützen, z.B., eine Biobank Initiative, sowie unterschiedliche Forschungs & Entwicklungs-Projekte, die personalisierte Medizin, Biomarker- und Target- Forschung. smart-Portal ermöglicht komplexe Benutzer- und Rechte-managements und bietet die Aggregation und Visualisierung von Wissen entsprechend den vorbildungsbedingten „Weltsichten“ (z.B. klinisch-medizinische, genetische oder molekularbiologische Weltsicht).
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